D) Anuncios - CONSEJERÍA DE MEDIO AMBIENTE, AGRICULTURA E INTERIOR (BOCM-20241014-37)
Convenio – Convenio de 23 de septiembre de 2024, de colaboración entre la Comunidad de Madrid (Consejería de Medio Ambiente, Agricultura e Interior) y la Universidad Complutense de Madrid para el uso de equipos y conocimientos técnicos específicos
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BOCM
BOLETÍN OFICIAL DE LA COMUNIDAD DE MADRID
B.O.C.M. Núm. 245
LUNES 14 DE OCTUBRE DE 2024
Pág. 505
ambas partes en conocer y compartir los resultados obtenidos, con objeto de poder llevar a
cabo estudios comparados con muestras procedentes de la Comunidad de Madrid (en lo sucesivo CM) y de la UCM, con la finalidad de establecer posibles vínculos epidemiológicos.
IV. Por todo ello, dada la coincidencia de intereses entre ambas entidades, y considerando que tienen unos objetivos coincidentes y complementarios, de clara utilidad pública, deciden unir sus esfuerzos y acuerdan suscribir el presente convenio con arreglo a las
siguientes
CLÁUSULAS
Primera
Objeto del convenio
El presente convenio tiene por objeto regular el uso de los secuenciadores de que dispone el LRSA-CM para proceder al análisis genómico de los factores de resistencia y virulencia, fundamentalmente, en bacterias del cepario de VISAVET-UCM, que han sido aisladas a partir de muestras ambientales o de alimentos, incluido el agua, o bien a partir de
muestras clínicas de animales, con el objetivo de establecer un mapa de situación del nivel
de resistencias en bacterias de origen animal y en bacterias zoonósicas procedente de animales y de su entorno.
En una segunda fase, además, los secuenciadores se utilizarán para hacer un diagnóstico directo mediante secuenciación y técnicas de metagenómica de muestras clínicas procedentes de animales enfermos o de muestreos en animales o medioambiente.
Segunda
1. Compromisos de la CM, a través del LRSA:
— El LRSA pondrá a disposición del personal de la UCM los secuenciadores necesarios para el análisis genómico indicado, de acuerdo a un calendario previamente establecido, que no interrumpa la actividad y el normal funcionamiento del laboratorio. Concretamente los equipos empleados serán los secuenciadores NextSeq 1000
(número de serie VL00350), MiSeq (número de serie M08443) y SeqStudio (número de serie 232002700). Además, se dará soporte con otros equipos auxiliares de
los que dispone el LRSA, necesarios para el normal funcionamiento de los secuenciadores.
— El LRSA proporcionará a VISAVET-UCM los datos y secuencias con los que desee se realice el análisis bioinformático.
2. Compromisos de la UCM, a través del Centro VISAVET:
— El Centro VISAVET pondrá a disposición del LRSA los equipos y programas informáticos necesarios (servidor informático externo para el alojamiento de datos
generados en los secuenciadores) y el conocimiento para el análisis bioinformático, para el tratamiento de las secuencias genómicas facilitadas por el LRSA.
La información sería enviada desde los secuenciadores del LRSA a través de una
red segura al servidor externo de la UCM.
Los análisis se realizarán utilizando un protocolo de análisis in-house del centro
VISAVET que combina herramientas bioinformáticas de acceso libre con los siguientes objetivos:
1. Identificación del genotipo de las cepas secuenciadas mediante core genome
multi locus sequence typing (cgMLST), core genome whole genome sequencing
single nucleotide polymorphism typing (cgSNP) u otros estándares de caracterización de genomas establecidos para cada especie bacteriana.
2. Determinación de la presencia de genes que confieran fenotipos de resistencia
o de virulencia mediante el uso de bases de datos actualizadas (ResFinder,
VFDB, etc.).
3. Valoración de la diversidad genética intra-especie de las cepas secuenciadas
teniendo en cuenta otros genomas disponibles en bases de datos públicas
(ENA, genbank, etc.).
BOCM-20241014-37
Compromisos de las partes
BOLETÍN OFICIAL DE LA COMUNIDAD DE MADRID
B.O.C.M. Núm. 245
LUNES 14 DE OCTUBRE DE 2024
Pág. 505
ambas partes en conocer y compartir los resultados obtenidos, con objeto de poder llevar a
cabo estudios comparados con muestras procedentes de la Comunidad de Madrid (en lo sucesivo CM) y de la UCM, con la finalidad de establecer posibles vínculos epidemiológicos.
IV. Por todo ello, dada la coincidencia de intereses entre ambas entidades, y considerando que tienen unos objetivos coincidentes y complementarios, de clara utilidad pública, deciden unir sus esfuerzos y acuerdan suscribir el presente convenio con arreglo a las
siguientes
CLÁUSULAS
Primera
Objeto del convenio
El presente convenio tiene por objeto regular el uso de los secuenciadores de que dispone el LRSA-CM para proceder al análisis genómico de los factores de resistencia y virulencia, fundamentalmente, en bacterias del cepario de VISAVET-UCM, que han sido aisladas a partir de muestras ambientales o de alimentos, incluido el agua, o bien a partir de
muestras clínicas de animales, con el objetivo de establecer un mapa de situación del nivel
de resistencias en bacterias de origen animal y en bacterias zoonósicas procedente de animales y de su entorno.
En una segunda fase, además, los secuenciadores se utilizarán para hacer un diagnóstico directo mediante secuenciación y técnicas de metagenómica de muestras clínicas procedentes de animales enfermos o de muestreos en animales o medioambiente.
Segunda
1. Compromisos de la CM, a través del LRSA:
— El LRSA pondrá a disposición del personal de la UCM los secuenciadores necesarios para el análisis genómico indicado, de acuerdo a un calendario previamente establecido, que no interrumpa la actividad y el normal funcionamiento del laboratorio. Concretamente los equipos empleados serán los secuenciadores NextSeq 1000
(número de serie VL00350), MiSeq (número de serie M08443) y SeqStudio (número de serie 232002700). Además, se dará soporte con otros equipos auxiliares de
los que dispone el LRSA, necesarios para el normal funcionamiento de los secuenciadores.
— El LRSA proporcionará a VISAVET-UCM los datos y secuencias con los que desee se realice el análisis bioinformático.
2. Compromisos de la UCM, a través del Centro VISAVET:
— El Centro VISAVET pondrá a disposición del LRSA los equipos y programas informáticos necesarios (servidor informático externo para el alojamiento de datos
generados en los secuenciadores) y el conocimiento para el análisis bioinformático, para el tratamiento de las secuencias genómicas facilitadas por el LRSA.
La información sería enviada desde los secuenciadores del LRSA a través de una
red segura al servidor externo de la UCM.
Los análisis se realizarán utilizando un protocolo de análisis in-house del centro
VISAVET que combina herramientas bioinformáticas de acceso libre con los siguientes objetivos:
1. Identificación del genotipo de las cepas secuenciadas mediante core genome
multi locus sequence typing (cgMLST), core genome whole genome sequencing
single nucleotide polymorphism typing (cgSNP) u otros estándares de caracterización de genomas establecidos para cada especie bacteriana.
2. Determinación de la presencia de genes que confieran fenotipos de resistencia
o de virulencia mediante el uso de bases de datos actualizadas (ResFinder,
VFDB, etc.).
3. Valoración de la diversidad genética intra-especie de las cepas secuenciadas
teniendo en cuenta otros genomas disponibles en bases de datos públicas
(ENA, genbank, etc.).
BOCM-20241014-37
Compromisos de las partes
