Consejería De Hacienda Y Administración Pública. Convenios. (2022063095)
Resolución de 17 de octubre de 2022, de la Secretaría General, por la que se da publicidad al Convenio de Colaboración entre la Consejería para la Transición Ecológica y Sostenibilidad de la Junta de Extremadura y la Universidad de Extremadura para el estudio del estado de conservación del Desmán Ibérico (Galemys Pyrenaicus), Lobo Ibérico (Canis Lupus Signatus), Topillo Nival (Chionomys Nivalis) y Topillo de Cabrera (Microtus Cabrerae) mediante el uso de herramientas de genética molecular como base de la gestión para la conservación de estas especies y su hábitat. N.º Expte.: 2251999FR001.
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NÚMERO 214
Martes 8 de noviembre de 2022
53925
Las concentraciones hormonales se calcularán de acuerdo con el software desarrollado por
la empresa o, en su defecto, la fórmula de cálculo recomendada por el fabricante, y se
expresarán en ng/g de excremento seco.
El ADN extraído será procesado con el objetivo, en primer lugar, de verificar a través de
técnicas de qPCR si la muestra pertenece al desmán ibérico o bien proviene del musgaño
de Cabrera (Neomys anomalus) y en su defecto, se usarán publicaciones o estudios inéditos previamente realizados (por ejemplo, Gillet et al. 2014 o Fernández-García y Vivas,
2017).
Las muestras positivas a musgaño de Cabrera, se usarán ahora para realizar análisis de
parásitos que pudiera compartir con el desmán, especialmente Eimeria spp. Para aquellas
muestras atribuidas a la especie desmán ibérico (en base a las pruebas PCR), se procesarán, en una primera vez, usando secuenciación de, al menos, un segmento de d-loop descritos previamente (Igea et al., 2013, Fernández-García et al. 2015) como consecuencia
del hallazgo de variación genética en la especie en Extremadura y, si se observase alguna
región polimórfica en el genoma mitocondrial completo de al menos dos individuos diferentes, se seleccionará una de ellas para completar la información sobre Linajes genéticos
mitocondriales.
Aunque en relación a clados o linajes se puede asumir lo descrito por Igea et al. (2013),
la nueva información permite atribuir una distribución más precisa e informativa a nivel
filogeográfico de los distintos linajes encontrados (dos en Extremadura; Ripa et al., en
preparación) en base a secuenciación analítica de productos PCR del genoma mitocondrial.
Las PCR se analizarán en un equipo analizador genético modelo ABI 3130 (Applied BiosystemsTM) perteneciente a nuestro equipo de investigación. La delimitación de las unidades
o linajes evolutivos (atribuible en base a ADN mitocondrial) se obtendrá por métodos
bioinformáticos basados en redes de haplotipos usando la información de variabilidad de
secuencias de ácidos nucleicos del Cyt b y del D-loop mitocondriales de este proyecto, pero
añadiendo además secuencias disponibles en las bases de datos públicas del NCBI (Centro
Nacional de Información Biotecnológica, USA). Los resultados se expondrán mediante redes filogenéticas que representan de forma exhaustiva todas las posibles vías o trayectos
más cortos que establecerán dichas las relaciones filogenéticas que subyacen en los datos
genéticos mitocondriales y, además, aplicando la información de su ubicación geográfica.
También y cuando los ADN sean genéticamente atribuidos a desmán ibérico, serán objeto
de genotipado individual usando métodos moleculares de STR (Single Tandem Repeat),
también conocidos como microsatélites, procurando obtener los más variables de una
Martes 8 de noviembre de 2022
53925
Las concentraciones hormonales se calcularán de acuerdo con el software desarrollado por
la empresa o, en su defecto, la fórmula de cálculo recomendada por el fabricante, y se
expresarán en ng/g de excremento seco.
El ADN extraído será procesado con el objetivo, en primer lugar, de verificar a través de
técnicas de qPCR si la muestra pertenece al desmán ibérico o bien proviene del musgaño
de Cabrera (Neomys anomalus) y en su defecto, se usarán publicaciones o estudios inéditos previamente realizados (por ejemplo, Gillet et al. 2014 o Fernández-García y Vivas,
2017).
Las muestras positivas a musgaño de Cabrera, se usarán ahora para realizar análisis de
parásitos que pudiera compartir con el desmán, especialmente Eimeria spp. Para aquellas
muestras atribuidas a la especie desmán ibérico (en base a las pruebas PCR), se procesarán, en una primera vez, usando secuenciación de, al menos, un segmento de d-loop descritos previamente (Igea et al., 2013, Fernández-García et al. 2015) como consecuencia
del hallazgo de variación genética en la especie en Extremadura y, si se observase alguna
región polimórfica en el genoma mitocondrial completo de al menos dos individuos diferentes, se seleccionará una de ellas para completar la información sobre Linajes genéticos
mitocondriales.
Aunque en relación a clados o linajes se puede asumir lo descrito por Igea et al. (2013),
la nueva información permite atribuir una distribución más precisa e informativa a nivel
filogeográfico de los distintos linajes encontrados (dos en Extremadura; Ripa et al., en
preparación) en base a secuenciación analítica de productos PCR del genoma mitocondrial.
Las PCR se analizarán en un equipo analizador genético modelo ABI 3130 (Applied BiosystemsTM) perteneciente a nuestro equipo de investigación. La delimitación de las unidades
o linajes evolutivos (atribuible en base a ADN mitocondrial) se obtendrá por métodos
bioinformáticos basados en redes de haplotipos usando la información de variabilidad de
secuencias de ácidos nucleicos del Cyt b y del D-loop mitocondriales de este proyecto, pero
añadiendo además secuencias disponibles en las bases de datos públicas del NCBI (Centro
Nacional de Información Biotecnológica, USA). Los resultados se expondrán mediante redes filogenéticas que representan de forma exhaustiva todas las posibles vías o trayectos
más cortos que establecerán dichas las relaciones filogenéticas que subyacen en los datos
genéticos mitocondriales y, además, aplicando la información de su ubicación geográfica.
También y cuando los ADN sean genéticamente atribuidos a desmán ibérico, serán objeto
de genotipado individual usando métodos moleculares de STR (Single Tandem Repeat),
también conocidos como microsatélites, procurando obtener los más variables de una
