Consejería De Hacienda Y Administración Pública. Convenios. (2022063095)
Resolución de 17 de octubre de 2022, de la Secretaría General, por la que se da publicidad al Convenio de Colaboración entre la Consejería para la Transición Ecológica y Sostenibilidad de la Junta de Extremadura y la Universidad de Extremadura para el estudio del estado de conservación del Desmán Ibérico (Galemys Pyrenaicus), Lobo Ibérico (Canis Lupus Signatus), Topillo Nival (Chionomys Nivalis) y Topillo de Cabrera (Microtus Cabrerae) mediante el uso de herramientas de genética molecular como base de la gestión para la conservación de estas especies y su hábitat. N.º Expte.: 2251999FR001.
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NÚMERO 214
Martes 8 de noviembre de 2022
53926
colección de dieciocho marcadores genéticos nucleares que serán re-secuenciados para
adaptarlos a la población extremeña, y se incluirá el sexado mediante procedimientos
desarrollados en acciones previas. En relación con el procedimiento de sexado, se fundamentará en análisis de diseños de qPCR (PCR en tiempo real) (Ripa et al. en preparación
- Tesis doctoral), desarrollados durante etapas previas dado su sensibilidad y especificidad
técnica. Si no se obtiene suficiente ADN de desmán en el excremento, se priorizarán los
procedimientos, primero, de sexado, y segundo, de identificación individual.
Los datos genotípicos moleculares (multilocus) recogidos permiten medir como se distribuye en el espacio la variación genética y, de este modo, delimitar unidades evolutivas y
adscripción de cada individuo a las mismas o la identificación de grupos familiares y asignación de relaciones paterno-filiales. Además, este tipo de información genética permitirá
el análisis de eventos de fragmentación de los núcleos poblacionales (o metapoblaciones)
y comparación de los genotipos individuales usando muestras de desmán ibérico en toda
su área de distribución en Extremadura. Se mantendrán los análisis previos consistentes
en el estudio estadístico de los datos moleculares bajo la asistencia de programas informáticos disponibles o libres. Entre estos programas se aplicarán GenePop (Rousset, 2008)
y CERVUS (Marshall et al. 1998) que permiten realizar distintas pruebas en el contexto de
la genética de poblaciones, tanto para analizar parámetros genéticos básicos, como para
estimar si las distribuciones genotípicas vienen determinadas por las frecuencias alélicas.
También, se realizará la estimación de los índices de diversidad genética parcial (fragmentos de secuencias obtenidas de excrementos) o global, usando las dos secuencias de las
que dispone el ADN, ya que se pretende delimitar subpoblaciones en base la información
genética individual, incluido la correspondiente a linajes. Además, esto permitirá disponer
de conocimientos de la variabilidad genética mitocondrial explotable en términos de conservación de la especie. Ahora usando microsatélites y variabilidad genética mitocondrial,
las determinaciones de los índices de diversidad y distancia genética intra-poblacionales
e inter-poblacional, que son estimadores del grado de endogamia y grado relativo de aislamiento de las poblaciones, se van a poder obtener usando diversas funciones de correlación genética en programas como ARLEQUIN. Sin embargo, la mencionada asignación
de individuos a poblaciones más probables en base a marcadores microsatélites se realizará usando el método de Evanno et al. (2005) a través de varias aplicaciones informáticas, principalmente STRUCTURE (Pritchard et al., 2002) y STRUCTURE HARVESTER (Earl,
2012).
Los estimadores de diversidad genética tradicionales a nivel individual (heterocigosidad) y
poblacional (Fst, Fit y Fis) permiten establecer la estructura genética de cada población e
Martes 8 de noviembre de 2022
53926
colección de dieciocho marcadores genéticos nucleares que serán re-secuenciados para
adaptarlos a la población extremeña, y se incluirá el sexado mediante procedimientos
desarrollados en acciones previas. En relación con el procedimiento de sexado, se fundamentará en análisis de diseños de qPCR (PCR en tiempo real) (Ripa et al. en preparación
- Tesis doctoral), desarrollados durante etapas previas dado su sensibilidad y especificidad
técnica. Si no se obtiene suficiente ADN de desmán en el excremento, se priorizarán los
procedimientos, primero, de sexado, y segundo, de identificación individual.
Los datos genotípicos moleculares (multilocus) recogidos permiten medir como se distribuye en el espacio la variación genética y, de este modo, delimitar unidades evolutivas y
adscripción de cada individuo a las mismas o la identificación de grupos familiares y asignación de relaciones paterno-filiales. Además, este tipo de información genética permitirá
el análisis de eventos de fragmentación de los núcleos poblacionales (o metapoblaciones)
y comparación de los genotipos individuales usando muestras de desmán ibérico en toda
su área de distribución en Extremadura. Se mantendrán los análisis previos consistentes
en el estudio estadístico de los datos moleculares bajo la asistencia de programas informáticos disponibles o libres. Entre estos programas se aplicarán GenePop (Rousset, 2008)
y CERVUS (Marshall et al. 1998) que permiten realizar distintas pruebas en el contexto de
la genética de poblaciones, tanto para analizar parámetros genéticos básicos, como para
estimar si las distribuciones genotípicas vienen determinadas por las frecuencias alélicas.
También, se realizará la estimación de los índices de diversidad genética parcial (fragmentos de secuencias obtenidas de excrementos) o global, usando las dos secuencias de las
que dispone el ADN, ya que se pretende delimitar subpoblaciones en base la información
genética individual, incluido la correspondiente a linajes. Además, esto permitirá disponer
de conocimientos de la variabilidad genética mitocondrial explotable en términos de conservación de la especie. Ahora usando microsatélites y variabilidad genética mitocondrial,
las determinaciones de los índices de diversidad y distancia genética intra-poblacionales
e inter-poblacional, que son estimadores del grado de endogamia y grado relativo de aislamiento de las poblaciones, se van a poder obtener usando diversas funciones de correlación genética en programas como ARLEQUIN. Sin embargo, la mencionada asignación
de individuos a poblaciones más probables en base a marcadores microsatélites se realizará usando el método de Evanno et al. (2005) a través de varias aplicaciones informáticas, principalmente STRUCTURE (Pritchard et al., 2002) y STRUCTURE HARVESTER (Earl,
2012).
Los estimadores de diversidad genética tradicionales a nivel individual (heterocigosidad) y
poblacional (Fst, Fit y Fis) permiten establecer la estructura genética de cada población e
