III. Otras disposiciones. MINISTERIO DE CIENCIA, INNOVACIÓN Y UNIVERSIDADES. Ayudas. (BOE-A-2024-14616)
Orden CNU/731/2024, de 11 de julio, por la que se aprueban las bases reguladoras para la concesión de ayudas y se efectúa la convocatoria para el año 2024 de Misiones Conjuntas del Ministerio de Sanidad y del Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades, para la concesión de subvenciones a Proyectos de Investigación orientados a la Implantación de la Medicina Personalizada de Precisión, bajo el PERTE para la Salud de Vanguardia y en el marco del Plan de Recuperación, Transformación y Resiliencia.
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No ocultamos, cambiamos o tergiversamos la información, simplemente somos un altavoz organizado de los boletines oficiales de España.
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BOLETÍN OFICIAL DEL ESTADO
Martes 16 de julio de 2024
Sec. III. Pág. 89429
Europeo y del Consejo de 18 de junio de 2020 relativo al establecimiento de un marco
para facilitar las inversiones sostenibles y por el que se modifica el Reglamento (UE)
2019/2088.
j) Desde el punto de vista de procesamiento de datos, esta convocatoria está
guiada por los principios de ciencia abierta y tiene en cuenta las oportunidades que
ofrece la interoperabilidad de los datos biomédicos. De igual manera sigue las iniciativas
nacionales, europeas e internacionales como la Global Alliance for Genomics and Health
(GA4GH), ELIXIR, y la declaración conjunta de los estados miembros alrededor del
proyecto Europeo 1 Million Genomes (1+MG).
En consecuencia, los proyectos que se presenten deben permitir la estandarización
de los datos biomédicos para facilitar su interoperabilidad, acceso y gobernanza con
IMPaCT. Para ello, es necesario el uso de software con licencias de código abierto que
cuenten con su código en repositorios de control de versiones (p. ej. GitLab y GitHub).
En el caso de que se desarrolle software científico, idealmente se seguirán las
recomendaciones de ELIXIR (https://doi.org/10.12688/f1000research.11407.1). El
software deberá estar preferiblemente disponible en formato «contenedor», y disponible
a través de los canales habituales de la comunidad como Bioconda y Biocontainers, y
contar con los metadatos suficientes para asegurar la reproducibilidad de los análisis y el
rápido despliegue en sistemas computacionales heterogéneos. El set mínimo de
metadatos vendrá dado por los esfuerzos en marcha dentro de ELIXIR, y en concreto, de
la ELIXIR tools platform.
En cuanto a los flujos de trabajo los proyectos deben utilizar lenguajes de
especificación de workflows como CWL y gestores de workflows con los siguientes
sistemas recomendados: Nextflow, Snakemake o Galaxy. Estos pipelines estarán a
disposición de la comunidad científica a través de repositorios de workflows con la
recomendación actual de WorkflowHub.
En cuanto a la generación y manejo de datos ómicos de carácter sensible, estos
datos deberán depositarse en el nodo central o en la instancia española de la European
Genome-phenome Archive (EGA). Como caso intermedio, los datos y sus metadatos
asociados pueden organizarse en versiones locales de EGA, que mantendrán el mismo
formato y estructura de EGA. Para facilitar el descubrimiento y el uso de estos datos
ómicos, los datos deben ir acompañados de los datos de fenotipo (clínicos) asociados,
siguiendo los formatos y modelos de datos establecidos por las distintas comunidades.
Para las descripciones asociadas a estudios de cáncer, la información seguirá el modelo
de datos previsto en ICGC-Argo o en el grupo de trabajo correspondiente
de 1+MG/B1MG.
En cuanto a la generación y manejo de información estructurada proveniente de
observaciones clínicas, el objetivo es facilitar la interoperabilidad a través del uso de
distintos vocabularios controlados y ontologías existentes. En particular: SNOMED CT,
ICD-9 y LOINC, organizados siguiendo modelos de datos ampliamente utilizados como
OHDSI OMOP CDM. La conectividad entre recursos se fundamentará en el modelado de
la información clínica a partir de la historia clínica electrónica (HCE) basada en
OpenEHR, con el objetivo de facilitar la interoperabilidad semántica y alinearse con los
desarrollos existentes a partir de la ISO13606.
En cuanto a la generación y manejo de información proveniente de imagen médica,
esta seguirá el estándar DICOM que facilita la transmisión y análisis de este tipo de
datos independientemente de la organización interna de cada institución y sus PACS.
Idealmente, los datos clínicos asociados a las imágenes médicas deberán seguir los
estándares propuestos para manejar la información de carácter clínico mencionados en
el apartado anterior.
En términos de seguridad de los datos, los proyectos deberán incorporar desde el
diseño el cumplimiento de medidas del Esquema Nacional de Seguridad (RD 3/2010),
con especial hincapié en lo que respecta a la utilización de servicios en la nube y a la
identificación de activos, su valoración de acuerdo a las cinco dimensiones que tiene en
cuenta el ENS (disponibilidad, confidencialidad, integridad, autenticidad y trazabilidad), el
cve: BOE-A-2024-14616
Verificable en https://www.boe.es
Núm. 171
Martes 16 de julio de 2024
Sec. III. Pág. 89429
Europeo y del Consejo de 18 de junio de 2020 relativo al establecimiento de un marco
para facilitar las inversiones sostenibles y por el que se modifica el Reglamento (UE)
2019/2088.
j) Desde el punto de vista de procesamiento de datos, esta convocatoria está
guiada por los principios de ciencia abierta y tiene en cuenta las oportunidades que
ofrece la interoperabilidad de los datos biomédicos. De igual manera sigue las iniciativas
nacionales, europeas e internacionales como la Global Alliance for Genomics and Health
(GA4GH), ELIXIR, y la declaración conjunta de los estados miembros alrededor del
proyecto Europeo 1 Million Genomes (1+MG).
En consecuencia, los proyectos que se presenten deben permitir la estandarización
de los datos biomédicos para facilitar su interoperabilidad, acceso y gobernanza con
IMPaCT. Para ello, es necesario el uso de software con licencias de código abierto que
cuenten con su código en repositorios de control de versiones (p. ej. GitLab y GitHub).
En el caso de que se desarrolle software científico, idealmente se seguirán las
recomendaciones de ELIXIR (https://doi.org/10.12688/f1000research.11407.1). El
software deberá estar preferiblemente disponible en formato «contenedor», y disponible
a través de los canales habituales de la comunidad como Bioconda y Biocontainers, y
contar con los metadatos suficientes para asegurar la reproducibilidad de los análisis y el
rápido despliegue en sistemas computacionales heterogéneos. El set mínimo de
metadatos vendrá dado por los esfuerzos en marcha dentro de ELIXIR, y en concreto, de
la ELIXIR tools platform.
En cuanto a los flujos de trabajo los proyectos deben utilizar lenguajes de
especificación de workflows como CWL y gestores de workflows con los siguientes
sistemas recomendados: Nextflow, Snakemake o Galaxy. Estos pipelines estarán a
disposición de la comunidad científica a través de repositorios de workflows con la
recomendación actual de WorkflowHub.
En cuanto a la generación y manejo de datos ómicos de carácter sensible, estos
datos deberán depositarse en el nodo central o en la instancia española de la European
Genome-phenome Archive (EGA). Como caso intermedio, los datos y sus metadatos
asociados pueden organizarse en versiones locales de EGA, que mantendrán el mismo
formato y estructura de EGA. Para facilitar el descubrimiento y el uso de estos datos
ómicos, los datos deben ir acompañados de los datos de fenotipo (clínicos) asociados,
siguiendo los formatos y modelos de datos establecidos por las distintas comunidades.
Para las descripciones asociadas a estudios de cáncer, la información seguirá el modelo
de datos previsto en ICGC-Argo o en el grupo de trabajo correspondiente
de 1+MG/B1MG.
En cuanto a la generación y manejo de información estructurada proveniente de
observaciones clínicas, el objetivo es facilitar la interoperabilidad a través del uso de
distintos vocabularios controlados y ontologías existentes. En particular: SNOMED CT,
ICD-9 y LOINC, organizados siguiendo modelos de datos ampliamente utilizados como
OHDSI OMOP CDM. La conectividad entre recursos se fundamentará en el modelado de
la información clínica a partir de la historia clínica electrónica (HCE) basada en
OpenEHR, con el objetivo de facilitar la interoperabilidad semántica y alinearse con los
desarrollos existentes a partir de la ISO13606.
En cuanto a la generación y manejo de información proveniente de imagen médica,
esta seguirá el estándar DICOM que facilita la transmisión y análisis de este tipo de
datos independientemente de la organización interna de cada institución y sus PACS.
Idealmente, los datos clínicos asociados a las imágenes médicas deberán seguir los
estándares propuestos para manejar la información de carácter clínico mencionados en
el apartado anterior.
En términos de seguridad de los datos, los proyectos deberán incorporar desde el
diseño el cumplimiento de medidas del Esquema Nacional de Seguridad (RD 3/2010),
con especial hincapié en lo que respecta a la utilización de servicios en la nube y a la
identificación de activos, su valoración de acuerdo a las cinco dimensiones que tiene en
cuenta el ENS (disponibilidad, confidencialidad, integridad, autenticidad y trazabilidad), el
cve: BOE-A-2024-14616
Verificable en https://www.boe.es
Núm. 171
