Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades. III. Otras disposiciones. Convenios. (BOE-A-2024-24017)
Resolución de 31 de octubre de 2024, del Consorcio Barcelona Supercomputing Center-Centro Nacional de Supercomputación, por la que se publica el Convenio con Fundació Institut de Recerca contra la leucèmia Josep Carreras, para la ejecución del proyecto «BALL relapse», financiado por la Fundación «la Caixa».
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No ocultamos, cambiamos o tergiversamos la información, simplemente somos un altavoz organizado de los boletines oficiales de España.
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BOLETÍN OFICIAL DEL ESTADO
Núm. 278
Lunes 18 de noviembre de 2024
Background
(Nombre de la tecnología
usada para generar
librerías omicas)
Tipo
(¿Es un know-how, una metodología,
software, hardware?)
Sec. III. Pág. 149247
Titularidad
(Propietario de los derechos sobre esta tecnología referencia
del paper original)
liCHi-C
Datos de organización 3D de la cromatina
(generados mediante el método
experimental indicado en la columna 1*
Tomás-Daza L, Rovirosa L, López-Martí P, Nieto-Aliseda A, Serra F,
Planas-Riverola A, Molina O, McDonald R, Ghevaert C, Cuatrecasas E,
Costa D, Camós M, Bueno C, Menéndez P, Valencia A, Javierre BM. Low
input capture Hi-C (liCHi-C) identifies promoter-enhancer interactions at
high-resolution. Nat Commun. 2023 Jan 17;14(1):268. doi: 10.1038/
s41467-023-35911-8. PMID: 36650138; PMCID: PMC9845235.
EC-seq/DREC-seq
Datos de secuenciación del DNA, incluyendo
mutaciones y metilación de regiones
específicas, generados mediante el método
experimental indicado en la columna 1*
Método en desarrollo por parte del laboratorio «Organización 3D de la
cromatina» del IJC liderado por la Dr. Javierre.
* Dichas librerías se generarán a partir de (I) linfocitos B de 9 estadios madurativos y tres tipos celulares control (monocitos, CMP, y nCD8+) procedentes de
donantes sanos, y (II) aspirados de médula ósea de pacientes con leucemias agudas de células B (incluyendo blastos y componente inmune del microambiente
tumoral), y células control. Entre 2 y 4 réplicas biológicas por experimento serán generadas. Todas estas librerías anonimizadas están registradas en el base de datos
(registrada ante notario) del laboratorio «Organización 3D de la cromatina» del IJC liderado por la Dr. Javierre. Los datos se transferirán tanto sin procesar como
procesados tras el mapeo, filtrado y calling de los datos estadísticamente significativos.
Background con titularidad de terceros (third-party know-how/software/etc.) utilizado por
el Institut Josep Carreras para realizar las tareas (DATOS)
Tipo
(¿Es un know-how, una metodología,
software, hardware?)
Titularidad
(Propietario de los derechos sobre esta tecnología referencia
del paper original)
sc-multiome
Datos de regulación transcripcional y expresión
(apertura de la cromatina y expresión génica)
10X Genomics
generados mediante el método experimental
indicado en la columna 1*
scCUT&Tag-PRO
Zhang B, Srivastava A, Mimitou E, Stuart T, Raimondi I, Hao Y, Smibert P,
Datos de regulación transcripcional (marcas
Satija R. Characterizing cellular heterogeneity in chromatin state with
de histonas) y proteómica generados
scCUT&Tag-pro. Nat Biotechnol. 2022 Aug;40(8):1220-1230. doi: 10.1038/
mediante el método experimental indicado
s41587-022-01250-0. Epub 2022 Mar 24. PMID: 35332340; PMCID:
en la columna 1*
PMC9378363.
RNA-seq
Datos de expresión génica generados
mediante el método experimental indicado
en la columna 1*
CUT&RUN/ CUT&Tag/
ChIP-seq
Meers MP, Bryson TD, Henikoff JG, Henikoff S. Improved CUT&RUN
chromatin profiling tools. Elife. 2019 Jun 24;8:e46314. doi: 10.7554/
Datos de regulación transcripcional (marcas eLife.46314. PMID: 31232687; PMCID: PMC6598765.
de histonas) generados mediante el método Kaya-Okur HS, Wu SJ, Codomo CA, Pledger ES, Bryson TD, Henikoff JG,
experimental indicado en la columna 1*
Ahmad K, Henikoff S. CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small
samples and single cells. Nat Commun. 2019 Apr 29;10(1):1930. doi:
10.1038/s41467-019-09982-5. PMID: 31036827; PMCID: PMC6488672.
ATAC-seq
Datos de regulación transcripcional
(apertura de la cromatína) generados
mediante el método experimental indicado
en la columna 1*
Wang Z, Gerstein M, Snyder M. RNA-Seq: a revolutionary tool for
transcriptomics. Nat Rev Genet. 2009 Jan;10(1):57-63. doi: 10.1038/
nrg2484. PMID: 19015660; PMCID: PMC2949280.
Buenrostro JD, Wu B, Chang HY, Greenleaf WJ. ATAC-seq: A Method for
Assaying Chromatin Accessibility Genome-Wide. Curr Protoc Mol Biol.
2015 Jan 5;109:21.29.1-21.29.9. doi: 10.1002/0471142727.mb2129s109.
PMID: 25559105; PMCID: PMC4374986.
* Dichas librerías se generarán a partir de (I) linfocitos B de 9 estadios madurativos y tres tipos celulares control (monocitos, CMP, y nCD8+) procedentes de
donantes sanos, y (II) aspirados de médula ósea de pacientes con leucemias agudas de células B (incluyendo blastos y componente inmune del microambiente
tumoral), y células control. Entre 2 y 4 réplicas biológicas por experimento serán generadas. Todas estas librerías anonimizadas están registradas en el base de datos
(registrada ante notario) del laboratorio «Organización 3D de la cromatina» del IJC liderado por la Dr. Javierre. Los datos se transferirán tanto sin procesar como
procesados tras el mapeo, filtrado y calling de los datos estadísticamente significativos.
cve: BOE-A-2024-24017
Verificable en https://www.boe.es
Background
(Nombre de la tecnología
usada para generar
librerías omicas)
Núm. 278
Lunes 18 de noviembre de 2024
Background
(Nombre de la tecnología
usada para generar
librerías omicas)
Tipo
(¿Es un know-how, una metodología,
software, hardware?)
Sec. III. Pág. 149247
Titularidad
(Propietario de los derechos sobre esta tecnología referencia
del paper original)
liCHi-C
Datos de organización 3D de la cromatina
(generados mediante el método
experimental indicado en la columna 1*
Tomás-Daza L, Rovirosa L, López-Martí P, Nieto-Aliseda A, Serra F,
Planas-Riverola A, Molina O, McDonald R, Ghevaert C, Cuatrecasas E,
Costa D, Camós M, Bueno C, Menéndez P, Valencia A, Javierre BM. Low
input capture Hi-C (liCHi-C) identifies promoter-enhancer interactions at
high-resolution. Nat Commun. 2023 Jan 17;14(1):268. doi: 10.1038/
s41467-023-35911-8. PMID: 36650138; PMCID: PMC9845235.
EC-seq/DREC-seq
Datos de secuenciación del DNA, incluyendo
mutaciones y metilación de regiones
específicas, generados mediante el método
experimental indicado en la columna 1*
Método en desarrollo por parte del laboratorio «Organización 3D de la
cromatina» del IJC liderado por la Dr. Javierre.
* Dichas librerías se generarán a partir de (I) linfocitos B de 9 estadios madurativos y tres tipos celulares control (monocitos, CMP, y nCD8+) procedentes de
donantes sanos, y (II) aspirados de médula ósea de pacientes con leucemias agudas de células B (incluyendo blastos y componente inmune del microambiente
tumoral), y células control. Entre 2 y 4 réplicas biológicas por experimento serán generadas. Todas estas librerías anonimizadas están registradas en el base de datos
(registrada ante notario) del laboratorio «Organización 3D de la cromatina» del IJC liderado por la Dr. Javierre. Los datos se transferirán tanto sin procesar como
procesados tras el mapeo, filtrado y calling de los datos estadísticamente significativos.
Background con titularidad de terceros (third-party know-how/software/etc.) utilizado por
el Institut Josep Carreras para realizar las tareas (DATOS)
Tipo
(¿Es un know-how, una metodología,
software, hardware?)
Titularidad
(Propietario de los derechos sobre esta tecnología referencia
del paper original)
sc-multiome
Datos de regulación transcripcional y expresión
(apertura de la cromatina y expresión génica)
10X Genomics
generados mediante el método experimental
indicado en la columna 1*
scCUT&Tag-PRO
Zhang B, Srivastava A, Mimitou E, Stuart T, Raimondi I, Hao Y, Smibert P,
Datos de regulación transcripcional (marcas
Satija R. Characterizing cellular heterogeneity in chromatin state with
de histonas) y proteómica generados
scCUT&Tag-pro. Nat Biotechnol. 2022 Aug;40(8):1220-1230. doi: 10.1038/
mediante el método experimental indicado
s41587-022-01250-0. Epub 2022 Mar 24. PMID: 35332340; PMCID:
en la columna 1*
PMC9378363.
RNA-seq
Datos de expresión génica generados
mediante el método experimental indicado
en la columna 1*
CUT&RUN/ CUT&Tag/
ChIP-seq
Meers MP, Bryson TD, Henikoff JG, Henikoff S. Improved CUT&RUN
chromatin profiling tools. Elife. 2019 Jun 24;8:e46314. doi: 10.7554/
Datos de regulación transcripcional (marcas eLife.46314. PMID: 31232687; PMCID: PMC6598765.
de histonas) generados mediante el método Kaya-Okur HS, Wu SJ, Codomo CA, Pledger ES, Bryson TD, Henikoff JG,
experimental indicado en la columna 1*
Ahmad K, Henikoff S. CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small
samples and single cells. Nat Commun. 2019 Apr 29;10(1):1930. doi:
10.1038/s41467-019-09982-5. PMID: 31036827; PMCID: PMC6488672.
ATAC-seq
Datos de regulación transcripcional
(apertura de la cromatína) generados
mediante el método experimental indicado
en la columna 1*
Wang Z, Gerstein M, Snyder M. RNA-Seq: a revolutionary tool for
transcriptomics. Nat Rev Genet. 2009 Jan;10(1):57-63. doi: 10.1038/
nrg2484. PMID: 19015660; PMCID: PMC2949280.
Buenrostro JD, Wu B, Chang HY, Greenleaf WJ. ATAC-seq: A Method for
Assaying Chromatin Accessibility Genome-Wide. Curr Protoc Mol Biol.
2015 Jan 5;109:21.29.1-21.29.9. doi: 10.1002/0471142727.mb2129s109.
PMID: 25559105; PMCID: PMC4374986.
* Dichas librerías se generarán a partir de (I) linfocitos B de 9 estadios madurativos y tres tipos celulares control (monocitos, CMP, y nCD8+) procedentes de
donantes sanos, y (II) aspirados de médula ósea de pacientes con leucemias agudas de células B (incluyendo blastos y componente inmune del microambiente
tumoral), y células control. Entre 2 y 4 réplicas biológicas por experimento serán generadas. Todas estas librerías anonimizadas están registradas en el base de datos
(registrada ante notario) del laboratorio «Organización 3D de la cromatina» del IJC liderado por la Dr. Javierre. Los datos se transferirán tanto sin procesar como
procesados tras el mapeo, filtrado y calling de los datos estadísticamente significativos.
cve: BOE-A-2024-24017
Verificable en https://www.boe.es
Background
(Nombre de la tecnología
usada para generar
librerías omicas)
