Consejería De Hacienda Y Administración Pública. Convenios. (2022063095)
Resolución de 17 de octubre de 2022, de la Secretaría General, por la que se da publicidad al Convenio de Colaboración entre la Consejería para la Transición Ecológica y Sostenibilidad de la Junta de Extremadura y la Universidad de Extremadura para el estudio del estado de conservación del Desmán Ibérico (Galemys Pyrenaicus), Lobo Ibérico (Canis Lupus Signatus), Topillo Nival (Chionomys Nivalis) y Topillo de Cabrera (Microtus Cabrerae) mediante el uso de herramientas de genética molecular como base de la gestión para la conservación de estas especies y su hábitat. N.º Expte.: 2251999FR001.
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NÚMERO 214
Martes 8 de noviembre de 2022
53928
citados hasta ahora también son aplicables a la valoración de la capacidad de dispersión
entre núcleos de población (áreas críticas descritas en el Plan de Recuperación del desmán
en Extremadura) y posibilidades de expansión desde el rango de distribución actual conocido para la especie en Extremadura hacia otros tramos fluviales habitables para la especie
(áreas favorables, según el Plan de Recuperación del desmán en Extremadura) en base a
las información y estimas de abundancia relativa y tamaño efectivo de la población.
La investigación del estado sanitario del desmán ibérico (Ripa et al. pendiente de revisión
y aceptación de los autores para su envío) se realizará usando técnicas basadas en diseños
de ensayos qPCR (usada aquí por su mayor sensibilidad y especificidad) disponibles en el
mercado en forma de kits. Las pruebas ser realizarán usando un equipo StepOnePlusTMReal-Time PCR (Applied Biosystems) perteneciente a nuestro equipo de investigación.
Entre ellos, se pueden utilizar Kits de los parásitos Criptosporidium spp., áscaridos (Ascaris
spp.) y Eimeria spp. de los microorganismos Salmonella spp. y Listeria spp. entre otros.
También se emplearán los procedimientos qPCR desarrollados en convenios previos para
el estudio molecular de la presencia Omphalometra spp. (Fernández-García et al. 2021,
Ripa et al. In prep) de la cual se ha desarrollado durante el año 2022 un protocolo, posiblemente universal para trematodos, basado PCR a tiempo final usando la secuencia del
gen 18sDNA que abarca a más de 500 especies (incluido el parásito trematodo Maritrema
spp; también posible parásito de los desmanes) de los órdenes Plagiorchiida y Opisthorchiida. Además, se incorporará las técnicas de NGS descrita en párrafos anteriores al ser
más informativas sobre la microbiota, extendiendo así el análisis qPCR y se diseñará un
protocolo que permita evaluar la alta frecuencias de muestras positivas a Eimeria spp., recientemente observado en la especie (Fernández-García et al. 2021). Por ello, este trabajo
pretende ser pionero para evaluar el estado sanitario del desmán abarcando dos causas
fundamentales en su estado de salud, parasitarias e infecciosas; máxime al tratarse de
una especie en peligro de extinción en Extremadura y con grados elevados de endogamia.
En relación con el estudio de predación en lobo, se utilizarán excrementos identificados de la
especie, y en caso contrario, se procederá a su identificación en nuestro laboratorio usando
el gen IRBP o mediante NGS que asigna a cánidos. Alternativamente, se puede obtener una
asignación más robusta usando secuenciación del D-loop y/o Cyb para obtener los SNP asignados a lobo. El análisis de la presa se realizará en dos etapas. Para animales domésticos, se
usará secuenciación Sanger o fragmentos-RFLP del gen 12S y/o 16S rRNA, y para animales
silvestres se utilizará la patente molecular desarrollada por nosotros para la identificación
de cérvidos (Cód. de referencia: 201230824 N.º de solicitud: patente 201230824). Cuando
sea necesario, se añadirá análisis NGS en el equipo de minisecuenciación (iseq100, Illumina
Martes 8 de noviembre de 2022
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citados hasta ahora también son aplicables a la valoración de la capacidad de dispersión
entre núcleos de población (áreas críticas descritas en el Plan de Recuperación del desmán
en Extremadura) y posibilidades de expansión desde el rango de distribución actual conocido para la especie en Extremadura hacia otros tramos fluviales habitables para la especie
(áreas favorables, según el Plan de Recuperación del desmán en Extremadura) en base a
las información y estimas de abundancia relativa y tamaño efectivo de la población.
La investigación del estado sanitario del desmán ibérico (Ripa et al. pendiente de revisión
y aceptación de los autores para su envío) se realizará usando técnicas basadas en diseños
de ensayos qPCR (usada aquí por su mayor sensibilidad y especificidad) disponibles en el
mercado en forma de kits. Las pruebas ser realizarán usando un equipo StepOnePlusTMReal-Time PCR (Applied Biosystems) perteneciente a nuestro equipo de investigación.
Entre ellos, se pueden utilizar Kits de los parásitos Criptosporidium spp., áscaridos (Ascaris
spp.) y Eimeria spp. de los microorganismos Salmonella spp. y Listeria spp. entre otros.
También se emplearán los procedimientos qPCR desarrollados en convenios previos para
el estudio molecular de la presencia Omphalometra spp. (Fernández-García et al. 2021,
Ripa et al. In prep) de la cual se ha desarrollado durante el año 2022 un protocolo, posiblemente universal para trematodos, basado PCR a tiempo final usando la secuencia del
gen 18sDNA que abarca a más de 500 especies (incluido el parásito trematodo Maritrema
spp; también posible parásito de los desmanes) de los órdenes Plagiorchiida y Opisthorchiida. Además, se incorporará las técnicas de NGS descrita en párrafos anteriores al ser
más informativas sobre la microbiota, extendiendo así el análisis qPCR y se diseñará un
protocolo que permita evaluar la alta frecuencias de muestras positivas a Eimeria spp., recientemente observado en la especie (Fernández-García et al. 2021). Por ello, este trabajo
pretende ser pionero para evaluar el estado sanitario del desmán abarcando dos causas
fundamentales en su estado de salud, parasitarias e infecciosas; máxime al tratarse de
una especie en peligro de extinción en Extremadura y con grados elevados de endogamia.
En relación con el estudio de predación en lobo, se utilizarán excrementos identificados de la
especie, y en caso contrario, se procederá a su identificación en nuestro laboratorio usando
el gen IRBP o mediante NGS que asigna a cánidos. Alternativamente, se puede obtener una
asignación más robusta usando secuenciación del D-loop y/o Cyb para obtener los SNP asignados a lobo. El análisis de la presa se realizará en dos etapas. Para animales domésticos, se
usará secuenciación Sanger o fragmentos-RFLP del gen 12S y/o 16S rRNA, y para animales
silvestres se utilizará la patente molecular desarrollada por nosotros para la identificación
de cérvidos (Cód. de referencia: 201230824 N.º de solicitud: patente 201230824). Cuando
sea necesario, se añadirá análisis NGS en el equipo de minisecuenciación (iseq100, Illumina
